특수관계 거래(이전가격)에 대한 세무조사의 위험성

이전가격(Transfer Pricing)과 관련된 세무조사에서 어떤 납세자가 국세청(DJP)의 조사 대상이 될 수 있을까요? 이에 대해 설명하자면, 기본적으로 특수관계자 간 거래를 수행하는 납세자는 모두 이전가격 규정의 적용 대상이 된다고 말할 수 있습니다. 이러한 거래를 수행하는 경우에는 반드시 독립기업 원칙(Arm’s Length Principle), 즉 사업상 합리성과 통상적인 거래 조건의 원칙을 충족해야 합니다.

이전가격과 관련된 세무조사 절차는 일반적인 세무조사와 크게 다르지 않습니다. 일반 세무조사와 마찬가지로 조사명령서(SP2), 자료 제출 요청, 조사 결과 통지(SPHP) 등의 절차가 동일하게 진행됩니다. 또한 대부분의 세무서(KPP)에서는 이전가격만을 전담하는 별도의 조사 조직이 있는 것이 아니라 일반 조사 담당 부서에서 동일한 조사관들이 수행하는 경우가 많습니다.

다만 이전가격 관련 조사의 경우 일반 조사와 다른 점이 있다면 조사 기간입니다. 2025년에 개정된 규정에 따르면 세무조사는 크게 세 가지 유형으로 구분됩니다. 즉 종합조사, 집중조사, 특정조사로 나뉘며 각각 조사 기간은 대략 5개월, 3개월, 1개월 정도로 규정되어 있습니다. 그러나 이전가격 분쟁이나 그룹기업 간 거래와 관련된 조사의 경우에는 추가적인 조사 기간 연장이 가능합니다. 그 이유는 이전가격 문제는 종종 해외 계열회사와의 거래가 포함되기 때문에 자료 수집과 분석에 시간이 더 필요하기 때문입니다. 따라서 세무당국은 추가로 최대 4개월까지 조사 기간을 연장할 수 있습니다.

하지만 실제로는 조사 기간이 규정된 기간을 초과하더라도 그 자체만으로 과세 처분이 무효가 되는 것은 아닙니다. 실제로 대법원 판례에서도 조사 기간이 초과되었다는 이유만으로 과세 처분이 무효가 되는 것은 아니라는 판단이 내려진 바 있습니다. 따라서 납세자의 입장에서는 조사 기간이 초과되더라도 과세 처분 자체의 효력에는 큰 영향을 미치지 않는다는 사실을 유념해야 합니다.

이전가격 세무조사의 대상이 되는 납세자는 기본적으로 특수관계자 거래를 수행하는 기업입니다. 이는 인도네시아 소득세법 제18조 제3항에 근거하여 세무당국이 이러한 거래에 대해 가격 조정 또는 소득 조정을 할 수 있는 권한을 가지고 있기 때문입니다.

예를 들어 어떤 기업이 동일 그룹 회사로부터 제품을 단가 100으로 구매했다고 가정해 봅시다. 그러나 세무당국이 분석한 결과 시장 가격 또는 독립기업 간 거래 가격이 1,000 수준이라고 판단될 경우, 세무당국은 해당 거래 가격을 1,000으로 조정할 수 있습니다. 이 경우 실제 계약 가격이 100이고 실제로 지급된 금액도 100이라 하더라도, 특수관계자 거래라는 이유로 세무당국은 해당 가격이 정상가격이 아니라고 판단하면 조정할 수 있는 권한을 가집니다.

이러한 판단을 위해 세무당국은 다양한 비교자료와 데이터베이스를 활용합니다. 납세자에게 내부 자료 제출을 요구하기도 하고, 세무당국 자체적으로 보유한 비교기업 데이터베이스를 활용하기도 합니다. 이 과정에서 납세자와 세무당국 간에 가격의 적정성에 대한 분쟁이 발생하는 경우가 많습니다.

특수관계자의 범위는 인도네시아 소득세법 제18조 제4항과 관련 규정에서 규정되어 있으며 크게 세 가지 유형으로 구분됩니다.

첫 번째는 지분 관계 입니다. 일반적으로 한 회사가 다른 회사의 지분을 25% 이상 보유하고 있는 경우 특수관계로 간주됩니다.

두 번째는 지배 또는 통제 관계입니다. 이는 단순한 지분 관계뿐 아니라 경영, 기술, 사업 운영 등에서 실질적인 영향력이 있는 경우를 포함합니다. 특히 최근 규정에서는 “상업적 또는 재무적으로 동일한 그룹에 속해 있는 것으로 인식되는 경우”라는 표현이 추가되었는데, 이 표현은 다소 해석의 여지가 있어 실무적으로 논란이 될 가능성이 있습니다.

세 번째는 가족 관계입니다. 직계혈족 또는 1촌 이내의 친족 관계도 특수관계에 해당할 수 있습니다.

그렇다면 실제로 세무조사에서 자주 문제 되는 특수관계 거래의 유형은 무엇일까요? 이를 가장 간단하게 설명하면 손익계산서(Income Statement)를 보면 됩니다. 세무당국은 손익계산서의 수익(Revenue)과 비용(Expense) 항목을 중심으로 이전가격 문제를 검토합니다.

수익의 경우 세무당국은 거래 가격이 낮다고 판단되면 수익을 증가시키는 방향으로 조정할 수 있습니다. 비용의 경우에는 비용을 줄이거나 또는 늘리는 방식으로 조정할 수 있습니다.

예를 들어 비용이 과도하게 계상되었다고 판단될 경우 세무당국은 비용을 줄여 법인세 과세표준을 증가시킬 수 있습니다. 반대로 어떤 경우에는 비용을 증가시키는 조정이 이루어질 수도 있는데, 이는 주로 해외 서비스 비용과 관련된 부가가치세(PPN)나 원천징수세(PPh 26)를 확보하기 위한 목적일 수 있습니다.

이전가격 문제에서 자주 등장하는 거래 유형은 다음과 같습니다.

첫째, 상품 거래입니다. 계열사 간 상품의 매입 또는 판매 가격이 정상 가격인지 여부가 검토됩니다.

둘째, 서비스 거래입니다. 이는 이전가격 조사에서 가장 빈번하게 문제 되는 분야입니다. 서비스는 물리적인 형태가 없기 때문에 실제로 제공되었는지 여부를 입증하기 어렵기 때문입니다.

셋째, 로열티 거래입니다. 예를 들어 브랜드, 특허, 기술 등 무형자산의 사용에 대한 대가로 로열티가 지급되는 경우 그 금액이 적정한지 여부가 검토됩니다.

넷째, 이자 지급입니다. 주주나 계열회사로부터 차입한 자금에 대한 이자 지급 역시 이전가격 검토 대상이 됩니다.

또한 이전가격 조정이 이루어질 경우 Secondary Adjustment(2차 조정)이 발생할 수 있습니다. 예를 들어 계열사에 지급한 서비스 비용이 실제로 경제적 효익이 없는 것으로 판단되어 비용으로 인정되지 않을 경우, 세무당국은 해당 지급액을 배당으로 재분류할 수 있습니다.

이 경우 단순히 비용이 부인되어 법인세가 증가하는 것뿐만 아니라, 해당 금액이 배당으로 간주되면서 배당 원천징수세(PPh 26)까지 추가로 부과될 수 있습니다. 이 때문에 이전가격 조정은 단순한 세무조정보다 훨씬 큰 세 부담을 초래할 수 있습니다.

또한 세무당국은 개별 거래를 하나씩 조정하는 대신 이익률 자체를 조정하는 방식도 사용할 수 있습니다. 예를 들어 납세자가 보고한 순이익률이 6%인데 세무당국이 비교기업 분석 결과 정상 범위가 12%라고 판단할 경우, 세무당국은 이익률을 12%로 조정할 수 있습니다. 이 경우 추가 소득이 발생하게 되어 법인세뿐 아니라 부가가치세에도 영향을 미칠 수 있습니다.

이러한 이유로 이전가격 조사는 납세자에게 상당히 큰 위험이 될 수 있습니다. 특히 준비가 부족한 기업의 경우 조정 금액이 매우 크게 발생할 수 있습니다.

이전가격 조사에서 납세자가 자신의 거래가 실제로 존재하며 합리적이라는 점을 입증하기 위해서는 몇 가지 중요한 요소를 제시해야 합니다.

첫째, 서비스가 실제로 제공되었다는 사실을 입증해야 합니다. 단순히 청구서나 계약서만으로는 부족하며, 실제 수행된 활동이 존재해야 합니다.

둘째, 지급된 보수 수준이 정상가격 범위 내에 있다는 점을 입증해야 합니다. 이를 위해서는 이전가격 문서를 작성하고 비교기업 분석 등을 통해 합리적인 마진 수준을 제시해야 합니다.

예를 들어 싱가포르에 있는 모회사가 인도네시아 자회사에 경영 자문 서비스를 제공한다고 가정해 봅시다. 이 경우 실제 서비스를 제공한 인력이 누구인지? 언제 인도네시아를 방문했는지? 온라인 회의를 진행했는지? 회의 일정 및 의제는 무엇인지? 업무 수행 시간 기록(Time Sheet)? 등과 같은 증빙이 필요합니다.

예를 들어 2026년 사업 전략에 대한 자문 서비스라면 해당 전략 보고서와 회의 기록 등이 존재해야 합니다.

또한 이러한 서비스가 실제로 기업에 필요했는지도 입증해야 합니다. 예를 들어 해당 서비스가 없었다면 매출이 감소했거나 비용 효율성이 낮아졌을 것이라는 점 등을 설명해야 합니다.

마지막으로 경제적 효익(Economic Benefit)이 존재했다는 점을 보여야 합니다. 예를 들어 해당 서비스 덕분에 매출이 증가했거나 손실이 감소했거나 시장 점유율이 확대되었다는 식의 설명이 필요합니다.

세무당국은 이러한 요소들을 검토하여 서비스 거래가 실제로 필요하고 경제적 가치가 있는지 여부를 판단합니다. 만약 이러한 요소들이 충분히 입증되지 않는다면 해당 서비스 비용은 세무상 비용으로 인정되지 않을 수 있으며, 그 결과 법인세 부담이 증가하게 됩니다. 또한 앞서 설명한 것처럼 해당 지급액이 배당으로 간주될 경우 추가적인 원천징수세(PPh 26)까지 발생할 수 있습니다.